Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 MBD3L5-201ENST00000329753 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC005077.2-201ENST00000449786 690 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 BX284668.4-201ENST00000453917 508 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 RNMTL1P1-201ENST00000454103 560 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC020914.3-201ENST00000594712 304 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ZMYND11-208ENST00000397962 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 KMT2E-201ENST00000257745 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 YIPF7-201ENST00000332990 937 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 HIST1H2AJ-201ENST00000333151 387 ntAPPRIS P1 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC068790.8-201ENST00000618862 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 LINC00854-216ENST00000636331 718 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AC138028.6-201ENST00000616106 1482 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 FBXL19-202ENST00000380310 3796 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 WIZ-207ENST00000599910 4609 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CCNE1-202ENST00000357943 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 E2F3P2-201ENST00000447755 1422 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CRB2-201ENST00000359999 3659 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 OR2I1P-209ENST00000641730 5365 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 ACSF2-202ENST00000427954 2251 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
NUP88Q99567 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms