Protein–RNA interactions for Protein: Q96AY4

TTC28, Tetratricopeptide repeat protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 2,481 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TTC28Q96AY4 AC048382.6-201ENST00000621980 1223 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 BARX1-AS1-201ENST00000453045 1445 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 ODCP-201ENST00000459650 1639 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 KRTAP10-5-201ENST00000400372 1150 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 MPV17-207ENST00000403262 665 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 IFITM1-202ENST00000408968 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 AL450346.2-201ENST00000495602 1024 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 SMUG1-221ENST00000514196 553 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 BOLA3P2-201ENST00000586496 323 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 ZNF235-203ENST00000589248 532 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
TTC28Q96AY4 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 BCKDHA-202ENST00000457836 1745 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 CNBP-205ENST00000500450 1516 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 HPGD-201ENST00000296521 1171 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 LINC00399-201ENST00000439008 414 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 HNRNPA1P10-201ENST00000444945 962 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AC090152.1-202ENST00000518993 1079 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 FAM213AP2-201ENST00000521579 683 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 ZNF720-211ENST00000539915 837 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 LIMD2-210ENST00000582055 509 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AC127002.1-201ENST00000619123 455 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 GABARAPL1-219ENST00000629504 379 ntTSL 4 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 ELN-206ENST00000380553 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AC006504.5-208ENST00000588784 2401 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 CRYM-202ENST00000543948 1400 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 TFG-208ENST00000490574 1696 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 CEBPZOS-203ENST00000397226 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 CYCS-203ENST00000409764 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 TISP43-202ENST00000409982 1039 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 ALMS1P1-201ENST00000428767 921 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 Z69733.1-201ENST00000445990 632 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AC010551.3-201ENST00000563772 463 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AC137936.2-202ENST00000638124 1146 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AL365181.1-201ENST00000564032 1828 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 SRP9-201ENST00000304786 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 UBL4B-201ENST00000334179 1478 ntAPPRIS P1 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 TM9SF1-202ENST00000396854 2055 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 ZMAT5-201ENST00000344318 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AC092573.1-201ENST00000433054 884 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AC004771.1-201ENST00000438266 583 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 KRT18P62-201ENST00000446618 1287 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AC023825.2-201ENST00000562970 672 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AL353708.1-201ENST00000567904 1257 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 MAFG-AS1-202ENST00000583492 969 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 AC048380.1-201ENST00000589818 465 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 RPS5-205ENST00000598495 800 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 CT55-201ENST00000276241 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 SERHL2-201ENST00000327678 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 HTR3E-205ENST00000436361 1371 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
TTC28Q96AY4 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.7 ms