Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 ATP5H-201ENST00000301587 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 FMR1NB-201ENST00000370467 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 HPGD-203ENST00000422112 805 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 RPL7P35-201ENST00000446943 740 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 KRT18P66-201ENST00000452970 1269 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 FOS-204ENST00000554617 796 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 JMJD8-203ENST00000562824 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 NPLOC4-209ENST00000572760 946 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AC093330.1-206ENST00000582546 812 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 LDLRAD4-208ENST00000586765 844 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 CUTA-215ENST00000611509 1199 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AC242376.2-201ENST00000619355 883 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 ALKBH2-208ENST00000619381 895 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AC139712.1-201ENST00000378256 1875 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 RASGEF1B-202ENST00000335927 1756 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 CHPF2-204ENST00000495645 2709 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SMPDL3B-201ENST00000373888 1548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 C12orf76-207ENST00000549724 1302 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 NR0B2-201ENST00000254227 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 GAD1-201ENST00000344257 1029 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AP000356.3-201ENST00000382243 753 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AC068134.1-201ENST00000441266 481 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 NDUFS6P1-201ENST00000485187 316 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AC011773.1-201ENST00000520129 468 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AP002803.1-201ENST00000528836 498 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 NAA40-206ENST00000542163 1035 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SHBG-207ENST00000570547 801 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AC018755.3-203ENST00000597710 411 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 GMFG-209ENST00000600322 622 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SNRPN-203ENST00000400097 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 PAK1-201ENST00000278568 2543 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 TRIM3-215ENST00000639856 2137 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 ZIM2-AS1-201ENST00000595954 2129 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 CNN1-201ENST00000252456 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 RPL37A-203ENST00000427280 698 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AC098934.1-204ENST00000430114 631 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 RPL37A-206ENST00000456586 401 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 AC008723.1-201ENST00000506922 207 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 CTBP2P4-201ENST00000513884 920 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 DNM1P30-201ENST00000563586 452 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 TMEM231-206ENST00000565067 1078 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 PIN1-207ENST00000588695 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 RNASEK-210ENST00000593646 566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
SYNE4Q8N205 RPL37A-211ENST00000598925 775 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms