Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC2A11-223ENST00000611880 3264 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC005089.1-201ENST00000619486 2241 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 HVCN1-202ENST00000356742 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MB-205ENST00000406324 582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DUSP13-208ENST00000478873 1335 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 RERG-205ENST00000537647 935 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 E2F6-212ENST00000546212 3191 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MIR5572-201ENST00000583188 137 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC008743.1-201ENST00000596350 813 ntTSL 4 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC107918.4-201ENST00000641966 3141 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NUTM2A-202ENST00000381707 3290 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NUTM2B-203ENST00000429828 3292 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 HTR7-202ENST00000336152 3126 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NTNG1-208ENST00000370074 3048 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TMEM256-201ENST00000302422 486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 IGF1-201ENST00000307046 1097 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CLIC1-206ENST00000375779 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 IGF1-203ENST00000392904 761 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AL157392.1-201ENST00000412388 373 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LINC01694-201ENST00000424569 821 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 Z93015.1-201ENST00000451718 390 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CHL1-AS2-203ENST00000452919 726 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 FBXL8-208ENST00000521920 574 ntTSL 4 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AP006333.2-201ENST00000544948 732 ntTSL 3 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 EGLN2-209ENST00000594140 991 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 LINC01002-220ENST00000632790 449 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TCP10-210ENST00000617120 2182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC4A8-204ENST00000514353 3041 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GABRG3-208ENST00000615808 10768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 TRIM41-201ENST00000315073 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 OR52A1-202ENST00000380367 9783 ntAPPRIS P1 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 MEF2C-AS1-210ENST00000514011 1754 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC12.83□□□□□ -0.35
CHD3Q12873 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 UHRF1-204ENST00000616255 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ATRN-202ENST00000446916 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.3 ms