Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 TOMM34-201ENST00000372813 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AP001267.2-201ENST00000532619 2086 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 RASSF5-201ENST00000577571 3496 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 GAL-201ENST00000265643 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MRPL52-211ENST00000555536 451 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 COL7A1-201ENST00000328333 9276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CCDC6-201ENST00000263102 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MFRP-201ENST00000360167 1663 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ZFR2-201ENST00000262961 4756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PSD2-201ENST00000274710 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 DBR1-201ENST00000260803 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CACNA2D3-202ENST00000415676 3661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 KIF1C-201ENST00000320785 7919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 HTR3E-202ENST00000415389 2139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 JKAMP-207ENST00000554271 2137 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MUM1-201ENST00000415183 2837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PNPLA5-201ENST00000216177 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 YTHDC1-202ENST00000355665 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ARPP19-202ENST00000561650 3245 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ABCC10-201ENST00000244533 5088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TP53INP2-201ENST00000374809 4018 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AL354702.1-201ENST00000442006 1960 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AL391280.1-201ENST00000506969 1062 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FAM153B-214ENST00000512862 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 RABL2B-202ENST00000395590 2380 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 LPAR1-203ENST00000374431 3637 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CDK5RAP2-202ENST00000360190 5985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SSTR2-201ENST00000357585 7683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TARS2-203ENST00000369054 1998 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TANGO2-205ENST00000401886 1559 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PCNX1-202ENST00000439984 6988 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 NUP98-203ENST00000359171 7023 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 STEAP2-202ENST00000394621 7033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 YME1L1-202ENST00000375972 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDAC4P56524 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDAC4P56524 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HDAC4P56524 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDAC4P56524 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HDAC4P56524 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HDAC4P56524 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HDAC4P56524 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.6 ms