Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
VPS54Q9P1Q0 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
VPS54Q9P1Q0 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms