Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
KLHL28Q9NXS3 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
KLHL28Q9NXS3 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 170.6 ms