Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC3Q9BQI4 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms