Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS35Q96QK1 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS35Q96QK1 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.2 ms