Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 567.6 ms