Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
SYNE3Q6ZMZ3 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms