Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS53Q5VIR6 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC27.57■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
VPS53Q5VIR6 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms