Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHHQ15465 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SHHQ15465 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHHQ15465 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHHQ15465 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SHHQ15465 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHHQ15465 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHHQ15465 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SHHQ15465 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SHHQ15465 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SHHQ15465 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SHHQ15465 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
SHHQ15465 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SHHQ15465 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
SHHQ15465 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SHHQ15465 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHHQ15465 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHHQ15465 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHHQ15465 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SHHQ15465 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHHQ15465 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHHQ15465 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SHHQ15465 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SHHQ15465 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SHHQ15465 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SHHQ15465 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SHHQ15465 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SHHQ15465 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SHHQ15465 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SHHQ15465 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SHHQ15465 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHHQ15465 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHHQ15465 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHHQ15465 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHHQ15465 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHHQ15465 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SHHQ15465 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHHQ15465 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHHQ15465 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHHQ15465 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
SHHQ15465 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHHQ15465 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHHQ15465 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SHHQ15465 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
SHHQ15465 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
SHHQ15465 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHHQ15465 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHHQ15465 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHHQ15465 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHHQ15465 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHHQ15465 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
SHHQ15465 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHHQ15465 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHHQ15465 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SHHQ15465 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHHQ15465 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHHQ15465 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
SHHQ15465 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHHQ15465 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHHQ15465 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHHQ15465 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHHQ15465 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHHQ15465 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHHQ15465 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SHHQ15465 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SHHQ15465 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
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