Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CTCFP49711 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CTCFP49711 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CTCFP49711 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
CTCFP49711 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CTCFP49711 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CTCFP49711 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CTCFP49711 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CTCFP49711 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CTCFP49711 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CTCFP49711 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CTCFP49711 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CTCFP49711 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CTCFP49711 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CTCFP49711 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CTCFP49711 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CTCFP49711 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CTCFP49711 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CTCFP49711 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CTCFP49711 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CTCFP49711 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CTCFP49711 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CTCFP49711 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CTCFP49711 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CTCFP49711 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CTCFP49711 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CTCFP49711 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CTCFP49711 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
CTCFP49711 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CTCFP49711 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
CTCFP49711 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CTCFP49711 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CTCFP49711 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CTCFP49711 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CTCFP49711 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CTCFP49711 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CTCFP49711 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CTCFP49711 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CTCFP49711 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CTCFP49711 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CTCFP49711 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CTCFP49711 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CTCFP49711 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
CTCFP49711 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CTCFP49711 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CTCFP49711 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CTCFP49711 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CTCFP49711 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC26.74■■□□□ 1.87
CTCFP49711 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CTCFP49711 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CTCFP49711 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CTCFP49711 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CTCFP49711 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CTCFP49711 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CTCFP49711 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CTCFP49711 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CTCFP49711 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CTCFP49711 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CTCFP49711 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CTCFP49711 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CTCFP49711 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CTCFP49711 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CTCFP49711 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
CTCFP49711 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CTCFP49711 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CTCFP49711 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CTCFP49711 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
CTCFP49711 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms