Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms