Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC079336.5-201ENST00000581360 2480 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 GABRB2-205ENST00000517901 1779 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 ARMCX6-208ENST00000539247 1928 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 FAU-202ENST00000434372 533 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC132803.1-201ENST00000504204 493 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 EIF1AD-211ENST00000533544 965 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 PLEKHA8P1-203ENST00000545609 277 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AP005901.3-201ENST00000581666 415 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 BCL2L12-204ENST00000594157 620 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 SIGLEC18P-201ENST00000602271 909 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 FDFT1-223ENST00000615631 2462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 MEIKIN-205ENST00000616644 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 AC148477.9-201ENST00000623974 539 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 OR3A2-205ENST00000641164 2033 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
TCOF1Q13428 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ATL3-203ENST00000538786 1920 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 RBBP4-204ENST00000414241 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 FOLR1-202ENST00000393676 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AL627231.1-201ENST00000394467 1125 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AL589843.1-201ENST00000423924 425 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 LINC00466-203ENST00000436475 1059 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 UBXN7-AS1-201ENST00000442941 386 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 VDAC3-211ENST00000522572 799 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC024361.2-201ENST00000574471 898 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC021016.3-201ENST00000608367 477 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 HIF3A-206ENST00000472815 1709 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TSFM-207ENST00000540550 1935 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TGM6-202ENST00000381423 2158 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 C2orf70-201ENST00000329615 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TNNT2-202ENST00000360372 969 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ADARB2-AS1-201ENST00000381301 625 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MAPK3-204ENST00000395200 997 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 UPK1A-AS1-201ENST00000443196 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 TNNT2-214ENST00000458432 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 RN7SL530P-201ENST00000485097 298 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 RN7SL81P-201ENST00000493781 261 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC009487.3-201ENST00000505579 560 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 FAM104A-204ENST00000580032 451 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 RPL18A-204ENST00000599898 491 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC103810.10-201ENST00000606504 343 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 CUTA-215ENST00000611509 1199 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MIR6858-201ENST00000620733 67 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AC025262.2-201ENST00000623975 1056 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 GLUD1P2-203ENST00000631118 486 ntTSL 3 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 LILRA2-203ENST00000391737 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 GMEB1-202ENST00000361872 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MARK2P16-201ENST00000605714 1723 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 CD59-201ENST00000351554 1775 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ARPC1A-201ENST00000262942 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MRGPRX4-201ENST00000314254 1444 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 MRPL32-201ENST00000223324 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 SNRPC-202ENST00000374017 1054 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
TCOF1Q13428 AL807761.2-201ENST00000422849 729 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
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