Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 UBA1-201ENST00000335972 3559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 MCRS1-211ENST00000550165 1936 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 CCNB1-201ENST00000256442 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 FANCG-201ENST00000378643 2631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 BAIAP3-202ENST00000397488 4583 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 LINC01010-201ENST00000431422 2069 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AC117489.1-201ENST00000625169 3217 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 BBS2-201ENST00000245157 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 KIAA1211L-201ENST00000397899 3907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 KIF3C-201ENST00000264712 5344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 TLL1-201ENST00000061240 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AC027601.5-201ENST00000624065 2482 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 DRC7-201ENST00000336825 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 BLOC1S6-212ENST00000566753 1996 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 ABCA7-201ENST00000263094 6816 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 CCT3-201ENST00000295688 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 HSPA7-201ENST00000445535 1927 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 SETD1B-203ENST00000604567 5969 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 DENND5B-202ENST00000389082 9470 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 IL17RD-201ENST00000296318 8720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 DIAPH2-204ENST00000373054 3376 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 DUSP27-201ENST00000271385 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 TNFRSF11A-202ENST00000586569 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 MOCS3-201ENST00000244051 5106 ntAPPRIS P1 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 IGSF1-204ENST00000370903 4594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 ATL3-203ENST00000538786 1920 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 PREP-201ENST00000369110 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 EIF3J-AS1-201ENST00000313807 2863 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 SLC22A12-203ENST00000377572 2887 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AC007603.1-201ENST00000563124 2085 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 RTEL1-203ENST00000360203 4623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 ZFP90-209ENST00000570495 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 DKKL1-202ENST00000594268 524 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 PIK3CG-201ENST00000359195 5377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 HPGD-202ENST00000296522 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 FAM47E-STBD1-204ENST00000515604 3029 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 ABR-228ENST00000574437 3196 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 PCNX4-203ENST00000406854 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 WSCD2-206ENST00000547525 4481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 FOXP3-203ENST00000376207 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CLDN9O95484 ASAP1-202ENST00000518721 5507 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.7 ms