Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SYNRG-217ENST00000612223 8229 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 IRAK3-201ENST00000261233 8663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ARMCX4-202ENST00000423738 7424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ADGRL1-201ENST00000340736 7853 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SLC4A7-203ENST00000425128 7970 ntTSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 UMODL1-203ENST00000400424 5516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC097374.1-201ENST00000568768 6624 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MAGI1-216ENST00000497477 3555 ntTSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AL591846.1-201ENST00000451736 433 ntBASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CCDC153-204ENST00000503566 1295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC012322.1-201ENST00000561657 861 ntTSL 3 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC244452.3-201ENST00000636814 210 ntBASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PLIN4-201ENST00000301286 6353 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PHF24-201ENST00000242315 5718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MAP3K4-201ENST00000348824 5295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC011899.2-202ENST00000438047 4302 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 NRXN1-222ENST00000625672 8113 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HARS-202ENST00000415192 1401 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FBLN2-203ENST00000404922 4318 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SYMPK-213ENST00000599460 5449 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZNF559-202ENST00000393883 5095 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.9 ms