Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PSTK-202ENST00000405485 1047 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 BTNL8-205ENST00000505126 1294 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC020910.5-201ENST00000623668 1865 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 NBEA-203ENST00000379939 10738 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 HSFX2-201ENST00000598963 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 USP25-201ENST00000285679 3973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC100850.1-201ENST00000506768 649 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
NUP88Q99567 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC17.52■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms