Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 FAM219A-207ENST00000379089 3624 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 IL21R-204ENST00000564089 3009 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 FLJ40288-201ENST00000332558 1998 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SLCO5A1-201ENST00000260126 9076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 DCST2-202ENST00000368424 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 PKM-220ENST00000568459 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 CBFA2T3-202ENST00000327483 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SH2D3C-201ENST00000314830 3124 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SEPT6-201ENST00000343984 2693 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 ABCB7-202ENST00000339447 2234 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 ZFP2-201ENST00000361362 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF7-201ENST00000218789 5233 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 GID4-201ENST00000268719 4237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 ACTR2-202ENST00000377982 2685 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 RCBTB2-205ENST00000544492 2622 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 SMYD5-202ENST00000389501 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 PLD1-201ENST00000331659 2906 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP45-202ENST00000539243 4184 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 LLGL1-201ENST00000316843 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 FANCG-201ENST00000378643 2631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 TUBGCP3-201ENST00000261965 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 ASAP3-202ENST00000437606 2865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 MAGED4B-202ENST00000360134 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 SUV39H2-201ENST00000313519 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 WDR17-205ENST00000508596 4294 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 GABRA1-201ENST00000023897 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 MAPK14-202ENST00000229795 4319 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 MX1-202ENST00000398598 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 SNAP29-201ENST00000215730 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 EGR1-201ENST00000239938 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 DRD2-201ENST00000346454 2433 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 FES-203ENST00000394302 2133 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 CLCN7-203ENST00000448525 4151 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 SCNN1A-201ENST00000228916 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 STRA6-202ENST00000395105 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 ADGRB2-205ENST00000398547 4857 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 KCP-206ENST00000613019 4853 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 AC096536.1-201ENST00000443284 440 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
BRPF3Q9ULD4 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.9 ms