Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ACP2-212ENST00000533929 1366 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CUX1P39880 DNMT3L-204ENST00000628202 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CUX1P39880 MS4A15-201ENST00000337911 1536 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CUX1P39880 GPD1-205ENST00000548814 1591 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CUX1P39880 MRPS10-201ENST00000053468 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CUX1P39880 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 GNAI2-201ENST00000266027 2169 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 NME4-203ENST00000397722 1232 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 CTBP2P8-201ENST00000422584 1330 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ABAT-203ENST00000425191 1923 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 NBPF3-205ENST00000454000 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ZNF268-210ENST00000541211 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 NT5C-204ENST00000578337 582 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AC003006.1-202ENST00000594684 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 LINC00244-201ENST00000625073 613 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 CD59-201ENST00000351554 1775 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AC021305.1-201ENST00000520656 1514 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 SLC25A3-216ENST00000551917 1359 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 CRYBB3-201ENST00000215855 867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 IL17B-201ENST00000261796 696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ACTBP7-201ENST00000418351 1124 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ZNF879-202ENST00000519896 543 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 TMEM123-208ENST00000532161 743 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 MT2A-202ENST00000561491 581 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AC009975.2-202ENST00000634539 854 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CUX1P39880 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 CD3EAP-202ENST00000589804 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 TTC39A-216ENST00000530004 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 TAGLN2-202ENST00000368096 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 TAGLN2-203ENST00000368097 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 GPX3-201ENST00000388825 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ABHD18-202ENST00000398965 2177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ACTG1P19-201ENST00000418987 1116 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AL158166.1-201ENST00000433110 371 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 CLNS1A-211ENST00000532069 898 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AC136624.2-201ENST00000574883 542 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 PEBP1P2-201ENST00000603980 558 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 HMGB1P24-201ENST00000611897 328 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ST5-261ENST00000626808 1071 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 FBXL7-203ENST00000510662 1758 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CUX1P39880 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 YIPF3-213ENST00000506469 1444 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AC019109.1-201ENST00000401725 1874 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 FAM90A21P-201ENST00000510875 1396 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 FAM90A15P-201ENST00000514465 1395 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 FAM90A6P-201ENST00000515148 1394 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 FAM90A16P-201ENST00000526662 1395 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 FAM90A9P-201ENST00000527940 1395 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 FAM90A5P-201ENST00000528738 1395 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 FAM90A14P-201ENST00000530386 1395 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 FAM90A13P-201ENST00000534703 1395 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 MDS2-201ENST00000374555 1029 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 PLAC9P1-201ENST00000397540 389 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ANG-202ENST00000397990 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AC018814.1-201ENST00000418972 357 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 RNF144A-AS1-203ENST00000426122 579 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 BANF1-205ENST00000527348 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AC003043.1-201ENST00000588260 337 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AP001029.1-201ENST00000589843 168 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AP001269.2-201ENST00000590055 379 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 GSTCD-206ENST00000507281 2091 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 AC015688.4-201ENST00000580780 1647 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 HEY1-202ENST00000354724 2293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 NEK2-201ENST00000366998 1865 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CUX1P39880 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 CAB39L-204ENST00000409130 1411 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 OXA1L-202ENST00000358043 1750 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CUX1P39880 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms