Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PAK6-202ENST00000455577 4215 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CORO7-222ENST00000574025 2826 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ST6GAL2-204ENST00000409382 7275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PAX3-203ENST00000344493 3109 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
LIG1P18858 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 BTNL8-206ENST00000508408 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 USP19-203ENST00000398892 4622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 DRC3-203ENST00000399187 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PODN-207ENST00000618387 3065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ACSM1-201ENST00000307493 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SMTN-202ENST00000347557 3130 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC25A18-201ENST00000327451 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TMPRSS3-204ENST00000433957 2403 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 WDR27-201ENST00000423258 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ZBTB17-202ENST00000375743 2745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 HNRNPUL1-205ENST00000593587 2725 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SRSF2-203ENST00000392485 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 LRRC17-202ENST00000339431 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PTGES3-207ENST00000614328 2077 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 OPA1-203ENST00000361715 6384 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TBC1D17-201ENST00000221543 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 TBC1D17-209ENST00000622860 2370 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LIG1P18858 WSCD1-201ENST00000317744 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SIPA1-203ENST00000527525 3235 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 LRRFIP1-204ENST00000392000 3365 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ZNF70-201ENST00000341976 6924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ZKSCAN7-201ENST00000273320 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FRMD5-201ENST00000402883 4091 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 WNT3A-201ENST00000284523 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FOXP3-203ENST00000376207 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 DENND5B-202ENST00000389082 9470 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PEX5L-215ENST00000485199 2992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms