Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 BSDC1-205ENST00000446293 1505 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PCK2-208ENST00000559250 1804 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MED7-202ENST00000420343 1382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ZCCHC17-201ENST00000344147 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ATAT1-206ENST00000376485 1476 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LINC00339-202ENST00000416769 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AL121983.2-202ENST00000419983 535 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AL139125.1-201ENST00000420395 557 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC012506.1-201ENST00000423706 525 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC103702.2-203ENST00000425510 379 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 NME6-208ENST00000435684 599 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 RN7SL564P-201ENST00000496309 250 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC090386.2-201ENST00000623010 1039 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 UQCC2-204ENST00000607484 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC138761.6-201ENST00000583997 1423 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 EFHD1-207ENST00000611312 1490 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PROSER3-202ENST00000396908 2149 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 HIST1H2BF-201ENST00000356530 1196 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PGAM1P11-201ENST00000416729 680 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 KCNK16-204ENST00000437525 981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 BCRP4-201ENST00000506079 804 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 CTBP2P6-201ENST00000526402 1229 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TSHR-205ENST00000554263 1184 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TSHR-206ENST00000554435 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC023389.1-201ENST00000577846 576 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 AC007250.1-201ENST00000608934 338 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 SNRPA1-216ENST00000626000 539 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 ADAMTS9-AS1-216ENST00000626280 882 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 KLK4-201ENST00000324041 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 FUCA1P1-201ENST00000374476 1351 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 CEP250-201ENST00000397524 1419 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 PRRT2-202ENST00000358758 2567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CHD9Q3L8U1 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 PPT1-205ENST00000449045 1957 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC092896.1-201ENST00000465850 380 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 DHDDS-217ENST00000526219 1072 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 KNOP1P1-201ENST00000542108 989 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC012174.1-201ENST00000562349 714 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 COX5A-205ENST00000568517 582 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AP000769.1-203ENST00000637245 208 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LINC01029-204ENST00000583106 1465 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TRIM45-202ENST00000369461 2415 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 HTATIP2-202ENST00000421577 886 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 GNAT1-202ENST00000433068 1224 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC053503.3-201ENST00000448375 114 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 IGHEP2-201ENST00000519308 1256 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC012617.1-201ENST00000586345 797 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC003043.1-201ENST00000588260 337 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AL645608.7-201ENST00000607769 351 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LAMA1-209ENST00000638611 1310 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 HERPUD1-202ENST00000344114 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 LGALS12-202ENST00000340246 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 TMEM176B-204ENST00000447204 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 BFAR-203ENST00000562442 1414 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CHD9Q3L8U1 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
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