Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 TBC1D2-203ENST00000375064 3174 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 PRAMEF25-202ENST00000619661 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 NADSYN1-216ENST00000530055 2416 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 PEX26-205ENST00000610387 3924 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 WHRN-202ENST00000362057 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 CAPN1-224ENST00000533129 2792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 KLF2P2-201ENST00000416807 1039 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 HDAC2-AS2-213ENST00000520891 603 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 MYADM-205ENST00000391771 3111 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 SPACA9-203ENST00000372136 2536 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 FRMD5-201ENST00000402883 4091 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 CHRD-206ENST00000450923 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 MSI1-201ENST00000257552 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
USP28Q96RU2 CCNF-202ENST00000397066 4283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NRP2-205ENST00000412873 2730 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SMOC2-201ENST00000354536 3150 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CNOT3-201ENST00000221232 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ALDOA-209ENST00000563060 1550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 STAG3L2-201ENST00000426587 2130 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NPRL3-212ENST00000620134 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC022616.1-201ENST00000518688 554 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ZFAND6-222ENST00000613266 1729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TGM6-202ENST00000381423 2158 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NOP14-203ENST00000416614 3538 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ACSM1-201ENST00000307493 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ALDH4A1-206ENST00000538839 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MAP2K1-201ENST00000307102 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PLEKHO2-201ENST00000323544 3720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 RABL2B-202ENST00000395590 2380 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AMIGO2-201ENST00000266581 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 ALDH8A1-204ENST00000367847 1587 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 SPIDR-201ENST00000297423 3988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 CR769775.1-201ENST00000443347 931 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
USP28Q96RU2 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 140.3 ms