Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

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Length 886 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TOX3-201ENST00000219746 3233 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FSIP1-201ENST00000350221 2805 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LINC01010-201ENST00000431422 2069 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SMARCA2-208ENST00000382194 5679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC090826.2-201ENST00000568496 4946 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 IARS2-201ENST00000366922 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ZBED1-203ENST00000381223 4510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CRYBG1-204ENST00000633556 9909 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 HOXB4-201ENST00000332503 3757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SUGP2-215ENST00000601879 5546 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 UBE3A-204ENST00000438097 8939 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TBC1D24-207ENST00000627285 4382 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SUCO-201ENST00000263688 5556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ARHGAP4-203ENST00000370028 3372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LAMB2-202ENST00000418109 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
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VPS39Q96JC1 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
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VPS39Q96JC1 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
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VPS39Q96JC1 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
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VPS39Q96JC1 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
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VPS39Q96JC1 AL365205.1-204ENST00000359201 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 BBS2-201ENST00000245157 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
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VPS39Q96JC1 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
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VPS39Q96JC1 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ADAMTS13-205ENST00000371916 4330 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 IKZF1-205ENST00000357364 5925 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
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VPS39Q96JC1 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TOMM34-201ENST00000372813 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SCN4B-204ENST00000529878 566 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
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