Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 POLN-210ENST00000511885 3253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 TNFAIP8L3-201ENST00000327536 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 KIAA0319-201ENST00000378214 6802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 P2RX3-201ENST00000263314 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PRF1-202ENST00000441259 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 GTF2IRD1-202ENST00000424337 3077 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 SMG9-211ENST00000601170 2387 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 CAP2-209ENST00000616440 2776 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 TRIM10-204ENST00000449742 3546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PPP6R2-202ENST00000359139 4035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 STK40-201ENST00000359297 4837 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 CDHR5-203ENST00000397542 3489 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PRKD1-209ENST00000616995 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 Z82170.1-201ENST00000625081 3192 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 CALML3-201ENST00000315238 2763 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 BLOC1S6-212ENST00000566753 1996 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 DTX3L-201ENST00000296161 5868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PHTF2-206ENST00000422959 3525 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MAP7-204ENST00000454590 3119 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 THBS2-206ENST00000617924 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 TICRR-202ENST00000560985 6656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 GRIN1-206ENST00000371559 3577 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 C8orf31-201ENST00000395172 1875 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 WLS-201ENST00000262348 2748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PSEN2-201ENST00000366782 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 PPARGC1B-203ENST00000394320 4803 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 EXO5-201ENST00000296380 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 ABCA7-202ENST00000433129 6704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 SLC25A29-208ENST00000554912 5169 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 BCL9L-201ENST00000334801 10005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 GOLGA8VP-201ENST00000559009 1798 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 LILRB5-203ENST00000449561 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AC130686.1-201ENST00000622936 2466 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 NFATC1-205ENST00000427363 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 FHDC1-202ENST00000511601 6583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AL589669.1-201ENST00000639829 1506 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 RIC8B-202ENST00000392837 5135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MAPT-IT1-201ENST00000624111 3016 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC112Q8NEF3 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.5 ms