Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SLC6A9-203ENST00000372306 1926 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TNFSF11-201ENST00000239849 911 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 HBB-201ENST00000335295 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TOMM20L-201ENST00000360945 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NDUFS7-203ENST00000414651 841 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC254562.2-201ENST00000428786 667 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TSPY25P-201ENST00000429463 745 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 XBP1P1-201ENST00000436573 652 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC092638.2-201ENST00000441105 947 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AGPAT5P1-201ENST00000455855 1019 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AL355916.2-201ENST00000556543 593 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LINC02176-201ENST00000569104 598 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC010335.1-201ENST00000594590 599 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC011500.3-201ENST00000594676 647 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NPIPB11-202ENST00000614927 1216 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC133540.1-201ENST00000620845 1019 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC138466.5-201ENST00000624002 808 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SERPINB9P1-202ENST00000545177 1375 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SERPINF1-201ENST00000254722 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TMEM208-201ENST00000304800 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 RPS6KA2-AS1-201ENST00000455390 627 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC105254.1-201ENST00000507782 621 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LINC02380-201ENST00000510956 1038 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TMEM223-202ENST00000525631 736 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC003982.2-201ENST00000536933 365 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 TCL1A-205ENST00000555202 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AL118516.1-201ENST00000564152 670 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC010754.1-201ENST00000582300 1061 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC011481.2-201ENST00000585408 426 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC093567.1-201ENST00000590649 877 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC007326.1-201ENST00000604539 458 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC005041.3-201ENST00000606287 649 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AP003392.6-201ENST00000607709 325 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AC006158.1-201ENST00000610661 249 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 DDX5-235ENST00000630471 473 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 NFYA-202ENST00000353205 1660 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CACNA1H-206ENST00000565831 7815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 LINC02537-201ENST00000635943 1367 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CCDC169-SOHLH2-201ENST00000511166 2051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
COL6A1P12109 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms