Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 MEGF11-203ENST00000409699 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC011462.1-202ENST00000540732 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SSTR1-201ENST00000267377 4295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AGPAT3-218ENST00000546158 2199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TMUB2-202ENST00000357984 1921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ARFGAP1-202ENST00000370275 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 STEAP2-202ENST00000394621 7033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PPM1A-203ENST00000395076 8184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 FAM107A-206ENST00000474531 2271 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 DNAJC22-202ENST00000549441 4412 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 HAND2-AS1-202ENST00000502896 5278 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LIG3P49916 DNAH14-204ENST00000366849 2215 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 HNRNPH1-204ENST00000442819 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SLC27A4-201ENST00000300456 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ATP6V0A1-203ENST00000393829 3028 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PCDHA5-201ENST00000529619 4157 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 EXOC6B-202ENST00000410104 5795 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LINC01750-202ENST00000438293 3068 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 KIAA0513-207ENST00000567328 1873 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RPS6KC1-207ENST00000543470 4227 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CBFA2T3-202ENST00000327483 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SPIB-207ENST00000597855 564 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RCAN3-207ENST00000538532 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 EHD1-202ENST00000359393 3618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SLC12A7-201ENST00000264930 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 JPH3-201ENST00000284262 3985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LRRC8D-201ENST00000337338 3950 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CSNK1A1P1-201ENST00000430593 2147 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CFAP52-202ENST00000396219 1912 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RER1-207ENST00000488353 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RIOK1-202ENST00000379834 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ACSM2A-209ENST00000573854 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIG3P49916 OXCT1-AS1-201ENST00000508458 1731 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CILP2-202ENST00000586018 4234 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AGTPBP1-208ENST00000628899 4222 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 DNAJC3-AS1-201ENST00000499499 2908 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ARHGAP45-206ENST00000586866 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 GLB1L3-201ENST00000389887 3566 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ANO9-201ENST00000332826 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CHRNA7-201ENST00000306901 6181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 DIP2A-201ENST00000400274 7023 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RNF8-202ENST00000373479 5631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ZNF717-204ENST00000478296 3875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 MLXIPL-205ENST00000429400 3173 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PPP6R2-203ENST00000395741 3304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76 ms