Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
VPS54Q9P1Q0 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS54Q9P1Q0 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms