Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC27.54■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC27.53■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC27.52■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
USP40Q9NVE5 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.3 ms