Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SF3A1Q15459 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SF3A1Q15459 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
SF3A1Q15459 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms