Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SCN1BQ07699 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN1BQ07699 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN1BQ07699 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms