Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL4A3Q01955 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A3Q01955 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms