Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
SHMT1P34896 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SHMT1P34896 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms