Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
COL6A1P12109 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
COL6A1P12109 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms