Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P25-201ENST00000508931 1278 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AATBC-201ENST00000400385 4598 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 KHNYN-201ENST00000251343 6725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 FRMD3-201ENST00000304195 5297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 ABCG4-205ENST00000619701 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 CD93-201ENST00000246006 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 NWD2-201ENST00000309447 8325 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 JPH1-201ENST00000342232 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 NCKAP5L-201ENST00000335999 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D8-202ENST00000409318 3803 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01336-201ENST00000503568 534 ntTSL 4 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 UBR2-201ENST00000372899 7857 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 UBR2-202ENST00000372901 7857 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 PARP10-201ENST00000313028 3497 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 DBF4-201ENST00000265728 3907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 MEGF10-202ENST00000418761 2238 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AC005264.1-201ENST00000587587 2319 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 PPM1F-201ENST00000263212 5143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 MCL1-202ENST00000369026 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 SYNRG-217ENST00000612223 8229 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 MAPKAP1-201ENST00000265960 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 PXDNL-201ENST00000356297 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
SYNE3Q6ZMZ3 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms