Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CUX1P39880 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CHEK2-204ENST00000382580 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 BAK1P1-201ENST00000317045 636 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 TMEM242-201ENST00000367144 1030 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CYB561D1-203ENST00000393709 620 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 Metazoa_SRP.9-201ENST00000415635 283 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AL391415.1-201ENST00000439844 400 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PGAM1P12-201ENST00000505622 748 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CD59-210ENST00000528700 652 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LINC00470-210ENST00000584090 1334 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 MYBPHL-201ENST00000357155 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 Z84468.1-201ENST00000626321 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 GTF3C2-214ENST00000622534 1858 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 NHP2-202ENST00000314397 599 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC093567.1-201ENST00000590649 877 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC073592.2-201ENST00000623062 780 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC011287.1-201ENST00000639998 1349 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 RCC1-201ENST00000373831 1577 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LGALS12-202ENST00000340246 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LIPE-AS1-204ENST00000594624 1448 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AL139125.1-201ENST00000420395 557 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LINC02557-201ENST00000432249 477 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 RGS5-216ENST00000449680 788 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 MEF2C-AS2-201ENST00000510274 463 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PSG4-203ENST00000433626 1887 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LINC02076-201ENST00000577684 1871 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PCDHGA11-202ENST00000518882 2263 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PPT1-205ENST00000449045 1957 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SDHAF2-201ENST00000301761 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC010096.1-201ENST00000443897 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 UBL4B-201ENST00000334179 1478 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC025183.3-201ENST00000623526 1482 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PDYN-AS1-201ENST00000446562 1802 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 TMEM176B-201ENST00000326442 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 MYMK-201ENST00000339996 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SLC50A1-202ENST00000368401 1166 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC116609.2-201ENST00000431542 256 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC093826.1-201ENST00000508655 993 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 TMEM126A-203ENST00000528105 656 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ACTG1P17-202ENST00000560958 1662 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CNBP-201ENST00000422453 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CALR3-201ENST00000269881 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PPIA-201ENST00000355968 818 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC007319.1-201ENST00000453517 802 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 RPL18AP8-201ENST00000486071 528 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PPIA-208ENST00000489459 907 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 RPS23-204ENST00000507980 836 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AP003398.1-201ENST00000531124 318 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 HKR1-225ENST00000592168 566 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC020934.2-201ENST00000592400 456 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms