Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MANEAL-201ENST00000329006 1930 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RBM4B-206ENST00000531036 1646 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SERHL-201ENST00000359906 1346 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 C8G-201ENST00000224181 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CTNNBIP1-201ENST00000377256 451 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL583805.1-201ENST00000391389 531 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 Z97652.1-201ENST00000415176 329 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 IFI35-203ENST00000415816 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 THRB-AS1-202ENST00000438096 702 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 DCST1-AS1-201ENST00000452962 822 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL512330.1-201ENST00000456701 349 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NCK1-AS1-203ENST00000474250 827 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ALG1L13P-202ENST00000519320 584 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PIGH-209ENST00000559581 1049 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC093752.3-201ENST00000567343 901 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 FAM104A-204ENST00000580032 451 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PIN1-207ENST00000588695 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 BCL2L12-204ENST00000594157 620 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC138466.4-201ENST00000623965 852 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC104333.4-201ENST00000632866 554 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 Z84468.1-201ENST00000626321 1408 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 LINC00391-201ENST00000433569 1844 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PCNA-202ENST00000379160 1359 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 TMEM177-202ENST00000401466 1346 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 NACA-202ENST00000393891 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PSMA1-202ENST00000418988 1266 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC010973.2-201ENST00000485974 1230 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC107463.1-201ENST00000508605 667 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC025154.2-201ENST00000550530 445 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ANP32A-210ENST00000560303 724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC087392.5-201ENST00000612517 489 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC084781.1-201ENST00000613737 656 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC009560.1-201ENST00000620208 434 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 KRTAP10-4-203ENST00000622352 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC073911.3-201ENST00000624401 631 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 GCKR-201ENST00000264717 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 AC015909.3-201ENST00000572855 1794 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL6A1P12109 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 103.5 ms