Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ACTR2-205ENST00000542850 1429 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ARL10-201ENST00000310389 10845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 DEGS2-201ENST00000305631 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TMCC2-202ENST00000330675 2780 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PPP1R26P4-201ENST00000619065 3527 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZBED1-201ENST00000381218 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 M6PR-202ENST00000536844 2305 ntTSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MIRLET7BHG-203ENST00000435439 2264 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC018467.1-201ENST00000421581 717 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AP000439.4-201ENST00000567742 664 ntTSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 FAM163A-201ENST00000341785 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PDZD4-201ENST00000164640 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MEGF8-201ENST00000251268 9549 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC090099.4-201ENST00000527671 1027 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC026495.1-203ENST00000557528 906 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MIR6727-201ENST00000620702 65 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MCM4-201ENST00000262105 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 GCLC-201ENST00000229416 3813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 TJP3-207ENST00000589378 3068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
CHD3Q12873 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
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