Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 WDR45-230ENST00000634559 1192 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 PSMG3-AS1-201ENST00000437621 5701 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
NUP88Q99567 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AP000808.2-201ENST00000542410 569 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CD63-208ENST00000549117 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ZHX1-201ENST00000297857 5200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ITSN1-204ENST00000381285 6107 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PRM2-201ENST00000241808 680 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AL355483.2-201ENST00000421637 675 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PRM2-202ENST00000435245 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.3 ms