Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SHTN1-204ENST00000392903 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 IPO8-201ENST00000256079 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MBD1-212ENST00000585672 2532 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 COQ7-209ENST00000569127 2575 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 KIAA0930-203ENST00000391627 2623 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 TIMP3-201ENST00000266085 4603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 HNRNPUL1-201ENST00000263367 2952 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CYB561-201ENST00000360793 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SLC7A4-202ENST00000403586 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SPEG-201ENST00000312358 10782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MED12L-203ENST00000422248 2757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CDCA2-201ENST00000330560 3731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 FAM149B1-201ENST00000242505 5408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 TAP2-201ENST00000374897 5684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC027601.5-201ENST00000624065 2482 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CCHCR1-201ENST00000376266 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ABCG1-201ENST00000343687 3037 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC002310.2-201ENST00000486926 950 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 TNIP1-214ENST00000522226 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 BANP-203ENST00000393207 2438 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MAGED4B-202ENST00000360134 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AMACR-203ENST00000382072 2919 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PNPLA3-201ENST00000216180 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AL365205.1-204ENST00000359201 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MIR600HG-201ENST00000449175 5984 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 RIPK1-201ENST00000259808 4160 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 STAMBPL1-204ENST00000371927 4184 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIG1P18858 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms