Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 CHMP4BP1-201ENST00000556017 588 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 TTBK1-201ENST00000259750 6932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 TSACC-208ENST00000481479 741 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 RPS15-205ENST00000586686 562 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 RPS15-208ENST00000591804 711 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 RPS15-209ENST00000592588 510 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 NTRK3-202ENST00000355254 2938 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 HIST2H2AA3-201ENST00000369159 549 ntAPPRIS P1 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 TISP43-201ENST00000409793 538 ntTSL 4 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 AC016700.1-201ENST00000429424 312 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 ANAPC15-208ENST00000538393 867 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 NDUFV2P1-201ENST00000596415 907 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC13.41□□□□□ -0.26
TFF3Q07654 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.1 ms