Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CMTM5-201ENST00000339180 1173 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CMTM5-202ENST00000342473 725 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CMTM5-205ENST00000397227 818 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AC078875.1-201ENST00000431907 724 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AC012362.1-201ENST00000434906 739 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AC005234.1-201ENST00000457851 434 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 ANXA5-210ENST00000515017 1190 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CMTM5-208ENST00000555731 831 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AC068397.2-201ENST00000558742 341 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AC026803.1-201ENST00000569130 274 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AP005901.3-201ENST00000581666 415 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 TMIGD2-204ENST00000600349 333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 ITGA9-AS1-213ENST00000614028 913 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 FGR-202ENST00000374004 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 SYCN-201ENST00000318438 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AL591242.1-203ENST00000434329 374 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AP000842.2-201ENST00000533033 517 ntTSL 4 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 PLEKHA8P1-203ENST00000545609 277 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 C15orf59-AS1-202ENST00000615095 1224 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 RASSF3-202ENST00000336061 1030 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 SETD7-203ENST00000406354 1127 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 NSUN5P1-203ENST00000422386 972 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 RPL8P2-201ENST00000430538 502 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AL008733.1-201ENST00000440516 469 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 MIR503HG-202ENST00000440570 760 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AP000358.1-201ENST00000456260 156 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 ORAOV1-209ENST00000538554 1000 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AL031713.1-201ENST00000564813 661 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AL022344.2-201ENST00000568976 968 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 HIST1H2BE-201ENST00000614097 497 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 GOLGA8S-201ENST00000562295 1878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL4A4P53420 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
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