Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 NRN1L-202ENST00000576147 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MIR3147-201ENST00000577811 66 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 DYRK1B-208ENST00000601972 772 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 EVA1A-202ENST00000393913 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ARF5-201ENST00000000233 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CD1E-202ENST00000368155 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CD1E-204ENST00000368157 399 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 KRTAP20-4-201ENST00000382828 224 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC245369.1-201ENST00000390634 434 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC073316.1-202ENST00000402115 988 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC243961.1-201ENST00000432559 384 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC245056.1-201ENST00000437631 384 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 RCC2P8-201ENST00000502779 1035 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FAM153B-214ENST00000512862 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AP000911.1-202ENST00000532706 543 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MRPL48-210ENST00000542303 661 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SNHG14-213ENST00000551077 638 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MAX-201ENST00000246163 897 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CAPZB-201ENST00000264202 858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 EIF3K-202ENST00000538434 966 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MEG3_2.1-201ENST00000611456 105 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CDK7-214ENST00000626796 358 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CDK7-215ENST00000629350 1149 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SLC6A2-204ENST00000561820 2268 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AK1-202ENST00000373156 757 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 PSMG4-203ENST00000380306 726 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 PDIA3P2-201ENST00000428073 158 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC011742.3-201ENST00000439053 820 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC104073.2-201ENST00000453737 312 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 EFCAB10-201ENST00000460135 717 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC105389.3-201ENST00000508038 907 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC015689.1-201ENST00000525365 462 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SAXO2-207ENST00000566861 404 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AP005264.3-201ENST00000592370 485 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
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