Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 VLDLR-202ENST00000382099 3240 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 PTPRO-202ENST00000348962 5061 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
HDAC4P56524 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 CHDH-201ENST00000315251 7665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 EPHA5-202ENST00000354839 3427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 UBR5-212ENST00000521922 9008 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 MPDU1-201ENST00000250124 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 MIOX-203ENST00000395733 1021 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HDAC4P56524 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms