Protein–RNA interactions for Protein: P16234

PDGFRA, Platelet-derived growth factor receptor alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,089 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDGFRAP16234 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 TCEAL4-209ENST00000472745 1571 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
PDGFRAP16234 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 BLMH-201ENST00000261714 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 CCAR2-201ENST00000308511 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 NBEAL2-205ENST00000450053 8827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
PDGFRAP16234 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100.6 ms