Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PSMB10-201ENST00000358514 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 NAGK-204ENST00000443872 878 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC012441.2-201ENST00000444843 739 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 C12orf10-207ENST00000549488 840 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ZNF286A-219ENST00000585194 607 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 RPL17P45-201ENST00000586289 509 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC008805.1-201ENST00000590892 364 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC007881.3-201ENST00000608897 607 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC234782.2-201ENST00000614615 1240 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 C15orf59-AS1-202ENST00000615095 1224 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CRLF2-201ENST00000381566 1545 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CTSW-204ENST00000528419 1341 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AMT-239ENST00000636865 1914 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CAP2P1-201ENST00000557743 1390 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CRYBB1-201ENST00000215939 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 UQCRQ-203ENST00000378670 839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AP000356.3-201ENST00000382243 753 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PIN4P1-201ENST00000451079 396 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ZNF124-206ENST00000543802 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 MIR3677-201ENST00000578964 60 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 EXOSC5-204ENST00000596905 826 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 MEG3_2.1-201ENST00000611456 105 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 GPANK1-203ENST00000375896 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 UBE3C-202ENST00000389103 1626 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 UBL7-201ENST00000361351 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 NIT1-203ENST00000368009 1362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SEPT9-237ENST00000591198 2160 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 NPPC-202ENST00000409852 1051 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 LINC00028-201ENST00000435497 587 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC079112.1-201ENST00000454972 939 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PFN2-206ENST00000461930 606 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AL157792.1-201ENST00000488281 530 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC092535.3-201ENST00000504969 468 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 TPM1-223ENST00000560445 485 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 REC114-202ENST00000560581 833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 PLIN5-202ENST00000586133 907 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC008687.1-201ENST00000591656 786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 ACP7-202ENST00000594229 1149 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 NCR1-206ENST00000598576 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 HIST1H4A-201ENST00000617569 312 ntAPPRIS P1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
COL6A1P12109 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms