Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SMARCAL1Q9NZC9 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms