Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

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Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCN3AQ9NY46 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SCN3AQ9NY46 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
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