Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC40Q4G0X9 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC40Q4G0X9 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms